В середине ХIХ в. по высочайшему повелению императора Александра II в палатах открылся один из первых музеев Москвы — «Дом бояр Романовых».
В настоящее время внутреннее убранство палат знакомит с патриархальным боярским бытом конца ХVII в. По традиции Палаты разделены на мужскую и женскую половины. На первом этаже — мужской половине — представлены интерьеры «Столовая палата», «Кабинет боярина», «Библиотека», «Комната старших сыновей». На втором этаже — женской половине — «Сени», «Комната боярыни», «Светлица». В подвалах представлены кладовые. Интерьеры древних палат передают своеобразие русской жизни и культуры ХVII в. В экспозиции демонстрируются подлинные шедевры прикладного искусства из фондов Государственного Исторического музея.
Представление об усадьбе и Москве ХII-ХVII вв. значительно дополняют материалы первого в Москве подземного археологического музея, где представлена гончарная мастерская кон. ХV - нач. ХVII вв., найденная во время археологических раскопок 1983-91 гг. Широкие рамки экспозиции обоих музеев (ХII-ХVII вв.) дают возможность создавать разнообразную тематику экскурсий и работать с разными категориями посетителей. Для иностранных туристов разработана специальная программа.